Emilia Clarke küçük yaşlarda kaşları yüzünden arkadaşları tarafından rencide edilmiştir. Annesine kaşlarının çok kalın olduğunu ve aldırmak istediğini söylediğinde annesi kaşlarına asla dokundurmamıştır. Şimdilerde Clarke, kaşlarını aldırmadığı için annesine minnettar.

Anevrizma hastasıdır. Game of Thrones dizisinin ilk sezonu bittikten sonra antrenörüyle birlikte spor yaparken bayılan oyuncu hastalığıyla ilk orada yüzleşmiştir. Ciddi sakatlıklara veya beyin kanamasına yol açan hastalık Clarke'ın 4 gün yoğun bakımda kalmasına neden olmuştur.

Game Of Thrones'ta konuştuğu Dothraki dilinin yanı sıra 4 dil daha bilmektedir. Bu diller, İngilizce, Fransızca, Hintçe ve Almanca'dır.

Şarkı söylemeyi ve müzik aletlerini çalmayı çok sevmektedir. Clarke, gitar, piyano ve flüt çalabilmektedir.

Güzelliği ile gözleri kamaştıran Emilia Clarke 2015 yılında Esquire dergisi tarafından "Yaşayan En Çekici Kadın" ünvanına layık görülmüştür. 

"Grinin 50 Tonu" adlı filmde oynaması için teklif gelmiş fakat Clarke teklifi kabul etmemiştir. Kabul etmeme nedeninin ise şöyle açıklamıştır; "Muazzam işler yapan yönetmen Sam- Taylor Johnnson ile birlikte çalışmayı çok isterdim, fakat filmde çok fazla çıplak sahne olacağı için teklifini geri çevirdim. Hiçbir zaman çıplak olarak rol yapmam demedim, daha önce yaptım. Ancak, bu rolün beni dışarı çıkmak için mücadele edeceğim şekilde etiketleyeceğini düşündüm."