Muskat’ın tarihi hakkında; Bir imparatorluğun ve saltanatın başkenti olmasına karşın, Muskat yüzyıllar boyunca dış dünya tarafından zar zor fark edilen bir şehir olmuştur. Şehrin tarihine dair ilk kanıtlar MÖ 2. yüzyıldan kalma yazılardan Ptolemy’den gelmiştir. Bundan sonra çabalara rağmen, şehir 13. yüzyıla kadar bir belirsizliğe bürünmüştür.

Muscat’ın oluşum yılları hakkında çok az şey biliniyor ancak 14. yüzyıla gelindiğinde burası önemli bir ticaret limanı olmuştur. Bu başarı onu bir hedef haline getirince 1580’de Portekizliler burayı ele geçirmiştir. Ancak burası sadece Portekizlilerin hedefi olmamıştır ve limanı Osmanlılardan korumak için Portekizliler Al JAlali ve Al Mirani kalelerini inşa etmek zorunda kalmıştır.

1649’de Portekizliler Muskat’tan sürülmüş ve şehir 1793’de Umman’ın başkenti olarak Afrika’ya kadar uzanan geniş bir coğrafyanın başkenti olmayı sürdürmüştür. 19. yüzyılda ise İngilizler, Muscat’ı Hindistan, Afrika ve Orta Doğu’daki çıkarları için bir geçiş noktası olarak kullanmış ve bu durum şehrin giderek fakirleşmesine neden olmuştur.

Şehrin fakirleşmesiyle birlikte aşiret saldırıları da artmış ve 1915 ile 1963 yılları arasında Sultan İngilizlerden iki defa yardım almak zorunda kaldı. Sultan Qaboos’un yönetimi ele almasıyla birlikte ise şehirde refah ve barış hakim olmuş, yeniden yapılanma çalışmaları sayesinde Muskat günümüzde bir metropol haline gelmiştir.