Mostar tarihi hakkında; Antik çağlardan beri yerleşimin olduğu Neretva Vadisi, Kosaca ailesinin himayesindeydi. Bölgenin ticari açıdan önemli bir konumda olması Osmanlılar için burayı cazip bir rota kılmaktaydı ve 1466’de bölge Osmanlılar tarafından fethedildi. 1474’te ise ilk defa “Mostar” adıyla anıldı. 16. ve 17. yüzyılda Mostar, Hersek’in ticari, ekonomik ve siyasi açıdan merkezi konumundaydı.

Şehir, 19. yüzyılın sonlarında bütün Bosna-Hersek gibi Avusturya-Macaristan hakimiyetine girdi. Şehir, Birinci Dünya Savaşı’nın ardından Yugoslavya’ya, İkinci Dünya Savaşı sırasında ise Hırvatistan Devleti’ninhimayesine girdi. 1945’te ise Yugoslav Partizanları şehri yeniden ele geçirdi.

90’lı yılların başında meydana gelen Balkan Savaşları sırasında şehir büyük zarar gördü ve birçok bina ya yıkıldı ya da kullanılamaz hale geldi. Savaşın sona ermesinin ardından şehirde yenileme çalışmaları başladı. 1996 senesinde başlayan bu çalışmalar 2005 yılı gibi büyük oranda tamamlandı ve şehrin simge yapıları olan Mostar Köprüsü ve Eski Kent bölgesi UNESCO tarafından Dünya Mirası Listesi’ne dahil edilmiştir.